Adv Sci | 李向涛团队提出 PAIR 框架助力解析单细胞染色质开放景观

单细胞 ATAC-seq （scATAC-seq） 能够在单细胞分辨率上刻画染色质开放状态，为解析细胞身份、顺式调控元件活性以及转录因子调控程序提供了重要工具 … ScATAC-seq 数据通常存在测序深度有限、信号极度稀疏、技术性缺失严重等问题，导致细胞状态识别、差异可及性分析以及调控网络推断面临较大挑战 … 在黑色素瘤 scATAC-seq 数据中，PAIR 解析了围绕 SOX10 的共可及调控邻域和状态特异性 peak 模块，揭示其与增殖、迁移和膜重塑等肿瘤相关过程的联系，并识别出 ELAPOR1、LOXL4、SMAP2、SSB、TARS3、VAV3 等与患者生存分层相关的候选基因。