进化本身提供了一场持续数百万年的天然功能实验：严重破坏生物功能的突变通常受到纯化选择而难以在种群中积累，因此跨物种序列保守性可以反映基因组不同位置承受的功能约束。在最有害的预测区域中，GPN-Star 对罕见变异的富集程度也明显高于传统进化约束方法和其他预测模型，并且这一优势覆盖错义、剪接、非编码等多种变异类型，说明模型学习到的分数确实反映了全基因组尺度的选择约束。未来若能将系统发育信息、群体基因组、功能基因组以及组织和细胞类型信息进一步整合，有望形成兼具进化约束、分子功能和组织特异性的多模态基因组模型。