随着 AI 设计的蛋白质越来越多，一个新的问题也随之出现：拿到一条蛋白质序列，我们能不能判断它究竟来自自然界，还是由 AI 设计出来的。虽然 SynthIDBio-sequence 的水印写在蛋白质的氨基酸序列中，但 AI 设计出来的蛋白质如果要真正被制造出来，通常需要先获得编码这种蛋白质的 DNA，再通过细胞等生物系统将 DNA 中的信息表达成蛋白质。如果一个蛋白质由带有水印机制、同时设置了安全措施的 AI 模型生成，那么，当编码这一蛋白质的 DNA 进入合成环节时，合成企业可以根据其中所编码的蛋白质序列检查相应水印，从而确认这一设计是否来自已知模型。